河内医師会は1960年（昭和35年）河内市・柏原市・松原市の3市の医師で構成されていた中河内医師会が3市別々の医師会として分離独立することとなり、同年9月より前身の「河内市医師会」として会員数35名で発足しました。その後、1967年（昭和42年）の布施市・河内市・枚岡市の3市合併による東大阪市の誕生を経て、1971年（昭和46年）には「社団法人河内医師会」となり、1977年（昭和52年）に医師会事務所を開設、1985年（昭和60年）に旧医師会館へ移転し、1994年（平成6年）には医師会立訪問看護ステーションを開設、2001年末に若江岩田駅前の現在の医師会館へ再移転しました。
また、国の法人制度改革によって、2012年（平成24年）より非営利型一般社団法人に移行、既に公益目的支出計画も完了して現在に至っております。

2025年12月末日現在の会員数は223名（A会員101名、B会員119名、C会員3名）、圏域内の医療機関数は5病院、96診療所、1救命救急センターという状況です。